В июне 1991 г. братством святого благоверного великого князя Александра Невского, которое только что организовалось в Переславле – Залесском,  в здании бывшей женской гимназии (ул. Советская, 22) была открыта воскресная школа для взрослых и детей. Активистами братства и воскресной школы явились иерей Сергий Климов, Е. Стась, Г. Куманько, К. Холодова, Т. Ценева. На собрании братства было принято решение, по примеру тоже только что открывшихся к тому времени Православной гимназии о. Артемия Владимирова в Ясенево (Москва) и Православной гимназии о. Николая Лихоманова (Тутаев), организовать Православную гимназию и в Переславле.

26 сентября 1991 г. Переславская Православная гимназия была зарегистрирована по адресу ул. Советская, 22 с 20 учащимися 1-3 классов. Духовным наставником гимназии  в то время был священник Сергий Климов, настоятель Георгиевского храма с. Веськово. Вскоре его помощником в устроении гимназии становится священник Андрей Кульков, бывший учитель русского языка и литературы средней школы № 1.

В сентябре 1992 г. гимназия переезжает в здание бывшего детского сада «Елочка», которое делит с Центром  социальной защиты «Надежда». В то время в гимназии уже учится 50 учеников с 1 по 5 классы и при ней действуют воскресная школа и катехизаторские курсы для взрослых. Директором гимназии становится  священник Андрей Кульков, завучем Вера Федоровна Забавина, учителями работают Супрун Антонина Николаевна, Акимова Надежда Анатольевна, Лихарева Валентина Петровна, Николаев Анатолий Павлович (ныне покойный монах Даниил), Талейкина Людмила Николаевна, Козмова Цесанна Ираклиевна, Базлова Роза Николаевна, Кулькова Ксения Евгеньевна.

С августа 1993 г. гимназия размещалась в здании бывшего детского сада по ул. Садовой (дом № 8). С 1993 по 1997 г.г. директором гимназии была К.М. Холодова, духовником иерей Андрей Кульков. В ноябре 1996 г. владыка Михей благословил устроить в гимназии домовую церковь в память Переславского чудотворца благоверного князя Андрея Смоленского и выдал в школьный храм Св. Антиминс.  В день памяти святого (9 ноября) в домовой церкви совершилось первое Архиерейское Богослужение.

В январе 1997 г. (на Рождество Христово) вышел первый номер газеты «Ковчег», учредителем которой явилась Православная гимназия. В 1998 г. директором и духовником гимназии, по благословению владыки Михея, становится священник Андрей Кульков, настоятель Владимирского собора и церкви Александра Невского. Завучем гимназии в это время являлась Вера Федоровна Забавина, затем Анна Андреевна Махина, учителями работали Александр Васильевич Бочков (впоследствии принявший священный сан), Василий Павлович Бочков,  Роман Алмазович Алиев, Ольга Викторовна Талейкина, Елена Владимировна Волынчикова, Ирина Анатольевна Тулинова, Кононец Клавдия Сергеевна, Комлева Галина Ивановна (ныне покойная), Сойкин Игорь Валентинович, иерей Михаил Лазарев и др.

В  мае 1999 г. совершился первый выпуск учеников гимназии. Аттестаты о полном среднем образовании получили Егор Холодов, Любовь Кирьянова и Оксана Ульянцева, обучавшиеся в гимназии с начальной школы. Экзамены проходили на базе средней общеобразовательной  школы № 3.

15 мая 2000 г. гимназия получила свидетельство о государственной аккредитации (№1160), подтверждающее «уровень образовательных программ, соответствие содержания и качества подготовки выпускников учреждения требованиям государственных образовательных стандартов». Экзамены впервые проводятся на базе самой гимназии.

30 марта 2001 г. негосударственное общеобразовательное учреждение Переславская православная гимназия получила  лицензию (регистрационный номер 76242501/л 0091) на осуществление образовательной деятельности. С декабря 2001 г. завучем гимназии становится Ольга Викторовна Талейкина. В этот период в педколлектив гимназии входят завуч Екатерина Петровна Проскурина, учителя Сергей Константинович Чекин, Сергей Викторович Гузанов, Ирина Георгиевна Коляну, Блохина Любовь Александровна, Житникова Марина Владимировна, Ковтун Оксана Николаевна, Гиренко Татьяна Александровна, Калинина Александра Алексеевна, Босова Нина Алексеевна, Тимофеева Клавдия Федоровна, Ржевская  Анна Владимировна, Аванесов Валерий Степанович, Костырина Антонина Петровна, Соловьева Екатерина Матвеевна, священники Виталий Тарасов, Димитрий Беляев, Михаил Дольник, Павел Гаврилов.

В 2001-2002 учебном году Переславская православная гимназия переехала в новое здание (ул. Московская, 117), которое разделила с находившимся здесь ранее детским садом «Колосок». В здании при помощи благотворительного фонда «Благо» (одного из учредителей гимназии) был сделан ремонт.

12 февраля 2002 г. в день праздника Святителей Василия Великого,  Григория Богослова и Иоанна Златоуста викарным Епископом владыкой Иосифом в домовой церкви была совершена Божественная Литургия,  освещено здание гимназии и детского сада «Колосок».

На престольный праздник 9 ноября 2003 г. Высокопреосвященнейший Кирилл, Архиепископ Ярославский и Ростовский, отслужил в гимназической церкви Божественную Литургию, благословил учащихся и подарил гимназии автобус. Выпускница православной гимназии 2004-2005 учебного года Скрябина Алла Борисовна заканчивает школу с серебряной медалью.

С сентября 2008 года меняется состав учредителей: ими становятся  Администрация г. Переславля-Залесского в лице мэра города Охапкина А.В., Ярославская Епархия Русской Православной Церкви в лице Высокопреосвященнейшего архиепископа Ярославского и Ростовского  Кирилла, местная религиозная организация епархиальный монастырь «Никольский женский монастырь» г. Переславля-Залесского Ярославской области Ярославской Епархии Русской Православной Церкви в лице настоятельницы игуменьи Евстолии.

9 октября 2008 года Общим собранием учредителей на должность директора была назначена Толстова Валентина Кондратьевна. 12 июня 2010 года Переславской православной гимназии присвоено имя святого  благоверного великого князя Александра Невского.

С 1 сентября 2010 года Православная гимназия осуществляет свою деятельность в части здания МОУ СОШ № 6 по адресу: улица Менделеева, д.10.

31 декабря 2010 года негосударственное общеобразовательное учреждение Переславская  православная гимназия получила  лицензию (регистрационный номер 242510/0411) на право  ведения образовательной деятельности. Срок действия лицензии по 26 апреля 2016 года.